1999 metų rudenį Vilniuje įvairių mokslo įstaigų skelbimų lentose ir gatvėse pasirodė nuotraukomis iliustruotų afišų, kviečiančių į „Elfų“ teatro spektaklius suaugusiems: „Dvi Sofi“, „Senis ir jūra“ ir vaikams: „Skudurinė Onutė“, „Nulėpausio gimtadienis“. Sausio mėnesį pasirodė ir kvietimas į naują premjerą vaikams „Svogūnėlių pagrobimas“. „Elfų“ teatro ištakos – Marijampolės teatro studija. Šiai studijai 1996 metais vadovavo teatro režisierius Romas Vikšraitis. 1997-ųjų žiemą iš aktyviausių Marijampolės teatro studijos aktorių režisierius subūrė trupę ir įsteigė „Elfų“ teatrą. Teatro atidaryme suvaidintas spektaklis vaikams „Elfų pasakaitės“ (dabar pervadintas į „Skudurinė Onutė“). Berengiant šį spektaklį ir kilo mintis teatrą pavadinti „Elfų“ teatru. Visgi į tikrą dienos šviesą „elfai“ išlindo 1999-aisiais. Tų metų rudenį teatras įsikėlė į naujas patalpas šalia Vaikų ir jaunimo centro (Vilniuje, Ukmergės g.41, korp. B). Rugsėjo 4 d. naujoje salėje atidarytas naujas teatro sezonas – suvaidinta L. Lambero drama „Dvi Sofi“. Po spektaklio surengtas muzikinis vakaras – teatro aktoriai dainavo pirmiesiems teatro žiūrovams ir rėmėjams: UAB „Chrustik“, UAB „Indanė“, „Transmedos autoservisas“.