„Age of Mythology“ pasakoja apie Atlantidos admirolo Arkanto nuotykius. Piratams pavogus šventykloje saugotą Poseidono žeberklą, Atlantida (žaidimo autoriai įsivaizduoją šį mitinį žemyną buvus Atlanto vandenyne palyginti netoli nuo dabartinio Gibraltaro sąsiaurio) patenka į šio dievo nemalonę. Bandydamas sugrąžinti gimtajai šaliai prarastą globą, talentingasis karys vyksta padėti graikams šturmuoti Troją. Drauge su kitais legendiniais herojais Ajaksu, Herakliu ir Agamemnonu jam pavyksta įveikti nepalaužiamu laikytą miestą. Deja, paaiškėja, kad Poseidono pyktį sukėlė visiškai ne žeberklo netektis. Persekiojant maištingąsias dievybes Arkantui teks apsilankyti ne tik Egipte ir vikingų krašte, bet ir mirusiųjų karalystės Hado tamsybėse. Kiekviename žaidimo lygyje pagrindinis herojus gali panaudoti tris dievų suteiktas galias, kurios nuolat kinta. Įspūdingiausiai atrodo Dzeuso laidomi žaibai, efektingai sunaikinantys visą priešų armiją tam tikrame plote. Verta pastebėti, kad tokiomis galiomis naudojasi ir kompiuterio valdomi priešai – nustebino epizodas, kai puolant vieną iš Afroditės globojamos Trojos prieigas saugančių tvirtovių, jos gynėjai tiesiog iškėlė baltą vėliavą, neleidžiančią pusę minutės pulti jų karių ir pastatų. Taikos laiką trojėnai panaudojo savo pajėgoms puolamoje įtvirtinimų vietoje sustiprinti.