1893 metais susitelkę keli Lietuvos bajorai su Donatu Malinausku ir Elijumi Nonevičiumi priešakyje, 1895 m. sukūrė slaptąją „Dvylikos apaštalų“ organizaciją ir pradėjo kovą dėl lietuviškų pamaldų Šv.Mikalojaus bažnyčioje, trokšdami Lietuvos valstybės atkūrimo. Kodėl iš daugelio Vilniaus bažnyčių kun. Juozapas Ambraziejus patarė pasirinkti neveikiančią Šv. Mikalojaus bažnyčią? Jau kovos pradžioje „Dvylika apaštalų“ labai gerai suvokė apie juos tykančius pavojus ir atsisakė veikiančios bažnyčios, nenorėdami sukiršinti skirtingų tautybių tikinčiųjų. Dar 1895 m. prašyta bažnytinės hierarchijos atiduoti lietuviams vieną tų bažnyčių, kurios buvo tuščios ir nevyko pamaldos. Pasirinktos buvo dvi bažnyčios: Šv. Mykolo ir Šv. Mikalojaus. Pirmoji turėjo nemažus vienuolyno rūmus, kurie lietuvius viliojo, antroji buvo seniausia Vilniaus katalikų bažnyčia. 1896 metų pavasarį lietuviai kreipėsi į vyskupą L.Zdanavičių, pateikdami prašymą su daugybe parašų, kad Vilniaus bažnyčiose būtų leistos pamaldos lietuvių kalba, kurių nebuvo nuo vyskupo Karolio Petro Pancežinskio laikų. 1896 m. lietuviai inteligentai – D.Malinauskas, A.Domaševičius, K.Landsbergis, P.Matulionis su 300 lietuvių pasirašytu prašymu nuvyko pas vyskupą L.Zdanavičių. Tikslesnis laikas nėra žinomas, tačiau 1896 metų rugsėjo mėnesį „Varpas“ Nr. 9 informavo skaitytojus apie lietuvių apsilankymą pas vyskupą. Apie tai buvo rašyta ir straipsnyje „Kaip Vilniaus lietuviai vargo, kol išgavo Šv. Mikalojaus bažnyčią“: „Senelis vyskupas [L.Zdanavičius], pranešus tarnui apie atvykusiąją deputaciją, matomai laukė ko kito ir iš pradžių nesuprato, kas tai per vieni. Paliepęs tarnui įvesti deputatus, pats išbėgo į kitą kambarį, apsitaisė išeiginiais rūbais ir, prisisegęs savo medalius ir užsidėjęs kryžių, iškilmingai išėjo prie deputatų ir labai maloniai į juos prakalbėjo. Bet, vos tik įstengė deputatai ištarti keletą žodžių apie savo reikalą, kaip vyskupas, susiraukęs, balsiai pratarė: „Ponai, čia politika, daugiau nieko.